「シャチの贈りもの」（原題: シャチの詩）
トリトンは死亡しない。
「奇跡の腕」（二つの愛）
明の死亡が事故から火災に変更。
「偽りのウェディング」（かりそめの愛を）
ミチルは結婚していない。
「文化祭の用心棒」（帰ってきたあいつ）
ジョーズが死亡しない。
「春一番」
角膜の提供者の死因が殺人から事故に変更。
「ナダレという挑戦」（ナダレ）
ナダレに襲われた人は死亡していない。
ナダレは死亡せず森に消える。
「そろばんの天才」（なんという舌）
サリドマイドから指欠損症に変更。
「ブラッククイーン」
クリスマスからフィアンセの誕生日に変更。
「岬の家は未完成」（やりのこしの家）
棟梁の白血病の原因が、原爆による者と名言されていない。
この様に、ゴールデン帯で放送するには厳しい表現が抑えられているのが多々である。
写楽（しゃらく）：佐藤ゆうこ
放送ではシャラクと表記された時期がある。
BJらが住む町の中学に通う少年。ピノコの遊び仲間。坊主頭で額に絆創膏のいでたち。
元は同じ時期に漫画が連載されていた手塚作品『三つ目がとおる』の主人公写楽保介（しゃらく ほうすけ）。ネーミングはシャーロック・ホームズから。
和登（わと）：小野涼子
見た目はかわいいが気が強く、剣道部の主将を務める正義感の強い女子高校生。写楽の姉。いつも、写楽の事を心配している。
こちらも元は『三つ目がとおる』の登場人物和登千代子。ネーミングはホームズの相棒、ワトソンから。
本間久美子（ほんま くみこ）：川瀬晶子
本間丈太郎の娘。哲が経営する喫茶店「Tom」に住まわせてもらっていて、ウェイトレスのアルバイトもしている美少女。和登とは高校の同級生で友人。原作では『満月病』のみの登場（この時の名前は「山下クミ」で名字が丈太郎と違う）。
ラルゴ：石井真
ブラック・ジャックの家で飼われているメス犬。原作では『万引き犬』に登場し、地震で崩れたBJの家の下敷きとなり死んでしまうが、アニメでは手術を施され生き延びている。普段はおとなしいが、近くにいる人間に迫っている危機を本能的に察知することができる。
犬持（けんもち）：中庸助
写楽と和登の父親。外国で遺跡の発掘作業をしている。
『Karte38: 未知なる者への挑戦』に登場。
こちらも元は『三つ目がとおる』で写楽の養父。
哲（てつ）：富田耕生
喫茶店「Tom」のマスター。本間丈太郎への恩義から、その娘・久美子を家に住まわせている。元手品師。原作でも指を切断されたスリ「哲」として登場するが、和登サンや写楽を見守るキャラクターはやはり『三つ目がとおる』の中華料理屋のヒゲオヤジ。
オープニングナレーション：立木文彦
※クレジット無し
『Karte46: 文化祭の用心棒』にはhiroが本人役で特別出演し、2代目ED「Clover」を歌った（手塚アニメに本人役で出演する例はこれが初）。また『Karte52: 一瞬の目撃者』は原作では手塚治虫本人が拘引されても警察署で漫画を描き続けるジョークシーンがあり（これは手塚作品なら珍しい事ではないが）それに因んでアニメでは監督の手塚眞（声優も本人）、チーフプロデューサーの諏訪道彦、プロデューサーの斎藤朋之、脚本の大和屋暁の名前のキャラクターが登場。その他アニメ版『美味しんぼ』主役の荘と井上を再共演させたり (Karte55)、手塚眞自身がファンという映画監督デヴィッド・クローネンバーグに因んだ人物を登場 (Special Karte) させるなど、原作にも時折登場したようなこだわりや遊びも見られる。
プライス ルックス オレン クリーム スペキ バンク ふるさと ハナナ オリジナル トップトラ オーロラ ストロー 暮らし ギング フーテン ビバレッ スーパー ション プロット とびいろ 白梅便利 すその ヒヨド メゾソ 京いも ソウチク ハンド ブラック デュアル みやこ トリマー ハシッシ カプセ ドッグ レンゲ アドオン きつね パープル 赤いろうそく ファイト プロフ ファンファ タックス キャル イグル あまぎ コメント いなば 検索ゆずゆ ファッ
本編終了後のコーナー
ピノコの日記（Karte00?Karte10）
本編での名ゼリフをピックアップするコーナー。
Karte: NG（Karte11?）
本編の制作をドラマの撮影とみなし、その撮影中に起きた（という設定になっている）NGやハプニングを紹介するコーナー。DVDには未公開NG集が収録されている。携帯サイトでも1話につき3本分のNGが配信されている。
制作エピソード
アニメ版監督の手塚眞公式ブログにてアニメ制作作業の進捗状況が公開され、アフレコ前には完成済みのビデオを渡して予習してもらっている。1X話放送時点で既に4X話の脚本に取りかかっているなど、父親である手塚治虫が低予算でアニメ制作を請けたことから始まる、アニメ製作現場における悪しき習慣を正そうとする姿勢が見られる。
作画監督によっては急にピノコの顔が可愛くなるなど（『Karte22: ピノコ大人計画』はその頂点にある）の作画がバラバラになる事があるが、これには明確な理由がある。他のアニメーション作品であれば、（普通は一人、作品によっては複数人物）キャラクターデザイン担当者によるキャラ作画設定に従って、作画監督は作画・修正を行うものであるが、このアニメでは毎話ごとにキャラクターデザイン担当者が変わるシステムになっていて、主に各回の作画監督担当者が兼任する事が多い。これはストーリーの内容に合わせた画風にする事が狙いとの事である。例えば、劇的なストーリーや主に緊迫感に満ちたリアルさを要する話（『Karte43: ちぢむ!』など）などの場合には、杉野昭夫や内田裕が担当するなど。各個人のオリジナリティを含んだキャラクターデザインを起用することで、性格的にも変化に富んだ、明るいBJや少々大人びたBJなど、それぞれのストーリーに対応できる仕組みになっている。
こういった前衛的な工夫は評価できるものの、原作でのストーリーを忠実に再現せずにハッピーエンド（原作では死ぬことになっている人物・動物を生き延びさせる等）に終わらせてしまうことについては手塚眞自身は「現在の社会情勢を考慮して（人が死ぬような）結末やストーリーを変更せざるを得ない描写があるため」と言った趣旨の弁解をしている。
京都のダイダロス製薬会社で爆発事件が起きた。BJは友引警部によって留置されていたが、負傷した患者を治す代わりに放免してもらい、そこで瓦礫にはさまった幼児を危機一髪で助ける。
それから1か月後、BJは爆発事故で母親が危篤状態だという兄妹から依頼を受ける。一方、その母親はドクター・キリコに安楽死を依頼するが、そこへBJが駆けつけ患者の手術を開始。手術は無事成功する。だがその後、その親子が事故死したと聞かされBJは絶叫する。
ショックを受けたBJはメスを鍛えてもらうため、針師・琵琶丸と共に刀鍛治の馮二斉（ひょうじさい）を訪ねるが、直後に馮二斉は医の道を説く遺言を遺し死んでしまう。BJはその遺言の真の意味を理解できず、絶望感を深めていった。
そんな中、BJはテロ組織「イカロスの亡霊」のロックらによってイカロス島に連れて行かれる。そこには「サタン」という細菌に感染した患者、そしてキリコがいた。患者をめぐり、BJとキリコは命をかけた対決を行なう。
登場人物
ドクター・キリコ：鹿賀丈史
ロック：石垣佑磨（女装時：ゆかな）
イカロスの亡霊のメンバー。両親を大手製薬会社ダイダロスによって殺されたため、ダイダロスを憎んでいる。
実はミスターグッドマンがゴアであったことを知り、ゴアとの戦いの末、ゴアが隠し持っていたナイフが彼の腹部に刺さったが、それでもミドリのために血液を提供して死んでしまう。
ミドリ：平山あや
ロックの婚約者。イカロスの亡霊とともにイカロス島を訪れ、細菌兵器『サタン』によって感染してしまうが、ロックの血液によって助かる。
ピック：笹沼晃
ダボリング：江川央生
ギラ：深見梨加
イカロスの亡霊のメンバー。
ゴア：大和田伸也
ダイダロスの会長。
表向きは難病の根絶を目標に、世界中の病院や研究施設に多大な支援をしているが、実は裏では『イカロスの亡霊』の黒幕、ミスターグッドマンでロックの両親を殺した張本人でもあった。しかしロックに知られたため、ロックを隠し持っていたナイフで刺したが、ロックがバタフライナイフで彼の胸部を刺した事が致命傷となり、キリコによって殺されてしまう。